Министерство по рыболовству Сахалинской области является органом исполнительной власти Сахалинской области, осуществляющим функции по реализации государственной политики Правительства Сахалинской области в сфере рыболовства, рыбоводства и переработки водных биологических ресурсов, созданию условий для эффективного функционирования рыбохозяйственного комплекса Сахалинской области, совершенствованию системы управления использования водных биологических ресурсов в Сахалинской области, реализации отдельных полномочий Российской Федерации в сфере охраны и использования объектов животного мира, переданных органам исполнительной власти Сахалинской области.