Работа Генерального консульства Японии в г. Южно-Сахалинске заключается в поощрении и налаживании сотрудничества между Японией и Сахалинской областью, в том числе и в сфере взаимовыгодных экономических отношений, с тем, чтобы способствовать развитию широких спектров отношений и межрегиональных связей. Также важным направлением деятельности является выдача желающим въездных виз в Японию, организация культурных и образовательных мероприятий.