Целями деятельности Учреждения являются техническое обеспечение осуществляемых Росприроднадзором контроля и надзора в установленной сфере деятельности, а именно:
- во внутренних морских водах, территориальном море, на континентальном шельфе и в исключительной экономической зоне Российской Федерации;
- береговой линии в границах территории, примыкающей к морю, морских водоохранных зон, их прибрежных защитных полос, морских и речных портов и земельных участков прибрежных полос, занятых объектами хозяйственной и иной деятельности, являющихся водопользователями и/или оказывающих влияние на состояние морской среды;
- в устьевых областях рек (устьевые участки рек с частью их бассейна и устьевым взморьем);
- на федеральных внутренних водных путях.